生物顯微鏡用于觀察和研究生物切片、生物細胞、細菌、活組織培養物、液體沉淀物等，以及其他透明或半透明物體、粉末、細顆粒等物體。它的日常使用離不開日常維護，包括：生物顯微鏡應放置在干燥、潔凈的室內，避免光學部件發霉、金屬部件生銹、灰塵等。

    使用顯微鏡后：請放回盒子（柜子）；用玻璃蓋或塑料蓋蓋住它；放入干燥劑。

  生物顯微鏡不應與腐蝕性酸、還原性化學品或高揮發性化學品放在一起，以免腐蝕和縮短使用壽命。原則上，觀察含有液體的試樣時，一般需要蓋上蓋玻片。如果液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質，則蓋玻片周圍應用石蠟或凡士林密封后再觀察。但這種試劑常用于中藥的顯微鑒定。不可能全部封印。因此，應特別注意防止液體流入載物臺，不要接觸物鏡。

     請勿自行拆卸生物顯微鏡的組件。在鏡筒上插入目鏡或卸扣蓋，以防止灰塵進入鏡筒上部。請勿用手指觸摸或擦拭鏡頭表面。

      生物顯微鏡不宜暴露在陽光直射下，也不宜放置在火爐或暖氣附近，以免因冷熱變化過大而造成鏡片及機械部件脫膠、變形或損壞。

     清潔目標僅限于外表面。藥物污染物體表面后，用少許鏡子清潔液擦拭（不要使用酒精）。如果背面需要清潔，可用軟毛刷擦拭或使用皮革吸頭去除灰塵。